Der Musikunterrichtet, den drei Fachlehrer und eine Referendarin erteilen, richtet sich nach den Thüringer Lehrplänen.

Da viele Schülerinnen und Schüler der Bergschule musikalisch sehr talentiert sind, sogar ein Instrument spielen, haben sie die Möglichkeit, ihre Talente in den Unterricht und in das außerunterrichtliche schulische Leben einzubringen.

Das beginnt bei der musikalischen Gestaltung von Gottesdiensten und Höhepunkten im schulischen Leben, geht über die Mitwirkung in Schülerbands, die sich immer wieder in verschiedenen Klassenstufen eigenverantwortlich bilden, bis hin zur Mitwirkung in unterschiedlichen Musik-AGs, die je nach Interesse der Schülerinnen und Schüler und zeitlichen Möglichkeiten der Fachlehrer angeboten werden. Besonders muss dabei der 1996 gegründete "Chor der Bergschule St. Elisabeth" genannt werden.